A sua primeira equipe foi o BK Flaag, um time de bairro onde chegou com dez anos e que saiu aos treze, quando consegue assinar pelo grande clube da sua cidade, o Malmö, onde chegou ao ponto de pensar em abandonar o futebol depois de várias divergências com os treinadores.
Depois de uma breve passagem pelo Balkan, Zlatan ("dourado", em bósnio, e como ele prefere ser chamado - chegaria a usar seu prenome nas costas de sua camisa, em vez do sobrenome, nos primeiros dias de Ajax[4]) volta à sua antiga equipe com um novo contrato e com a determinação de acabar os seus estudos. Com 18 anos, chega à equipe principal e firma-se rapidamente, sendo o grande protagonista da volta do clube para a primeira divisão, na temporada 1999-00. Um ano depois, só pensava em jogar num grande time europeu.